A palavra Curupacê, de origem tupi-guarani, é o nome pelo qual era conhecido o rio Juqueriquerê que serviu como o divisor das Capitanias de Santo Amaro e São Vicente.

O Juqueriquerê é considerado o maior rio navegável do Litoral Norte, tendo grande importância para a cidade de Caraguatatuba.

Muito da história da cidade tem profunda relação com o Rio Juqueriquerê, cujo nome, tem origem tupi-guarani e significa planta dorminhoca ou sensitiva, uma plantinha que ao ser tocada, murcha e que ainda existe em abundância em suas margens.

O rio é formado pelo encontro dos rios Pirassununga e Camburu e tem 13 quilômetros de extensão entre sua nascente e a foz na praia da Flexeiras, onde deságua.

O rio Juqueriquerê também serviu como divisa entre Caraguá e São Sebastião entre 1636 e 1948, quando um decreto estadual, transferiu a divisa das duas cidades para o Rio Perequê-Mirim.

O rio foi responsável pela exportação de laranja e banana para a Inglaterra, a partir de 1927, quando da implantação da Fazenda São Sebastião, mais conhecida como Fazenda dos Ingleses, que foi uma das mais importantes fazendas da região.